在得不到已獲認證的有機西紅柿種子和種苗的情況下（如在有機種植的初始階段），可使用未經禁用物質處理的常規種子。應選擇適應當地的土壤和氣候特點，且對病蟲害有抗性的西紅柿種類及品種，在品種的選擇中要充分考慮保護作物遺傳多樣性。禁止使用任何轉基因種子；輪作換茬和清潔田園有機基地應采用包括豆科作物或綠肥在內的至少３種作物進行輪作；在１年只能生長１茬西紅柿的地區，允許采用包括豆科作物在內的兩種作物輪作。