發動機空載磨合并檢查完畢后，即開始整機的空負荷磨合工作。整機空負荷磨合是在道路上和田間進行的，只用行走輪，不加載耕作機具。微耕機整機空負荷磨合的具體方法如下：

 左手握緊主離合器手柄，檢查離合是否正常，如不正常，調整主離合拉線；雙手握放轉向離合器手柄，檢查轉向是否靈活，如不靈活，調整轉向離合拉線；拉動主離合器操作桿到“離”的位置，在不加油的狀態下，檢查各排檔的檔位是否靈活到位；檢查并調整完畢后，把主離合器手柄拉到“離”的位置，先加油，后排檔，然后推動主離合器手柄到“合”的位置，微耕機行走；握緊左轉向離合器手柄，微耕機向左轉向行走，握緊右轉向離合器手柄，微耕機向右轉向行走。不論是主離合器或者是轉向離合器在分離時要迅速、徹底結合時要柔和平順。先采用低速前進檔運行1h，再采用快速前進檔運行1h；磨合中經常觀察各部件是否工作正常，檢查發動機和變速箱有無漏油、漏氣、漏水現象，如發現故障，要及時停機排除。整機空負荷磨合完畢后，把主離合器手柄拉到“離”的位置，關閉油門和點火開關，微耕機熄火停機，磨合結束。 磨合結束后，潤滑油中含有大量的金屬粉末，必須清洗，并更換潤滑油。趁熱放空汽油發動機曲軸箱內的機油，再加入0.50kg左右的汽油，在關閉點火開關和油門的狀態下，拉動啟動繩20-30次進行清洗，然后放空發動機曲軸箱內的汽油，再按規定加足新的機油。趁熱放空柴油發動機曲軸箱內的機油，再加入0.50kg左右的汽油或柴油，在關閉油門的狀態下，用手搖柄搖動曲軸20-30圈進行清洗，然后放空發動機曲軸箱內的柴油，再按規定加足新的機油。拆下機油濾清器，用清潔的汽油或柴油清洗后，再裝回機油濾清器。趁熱放空變速箱內的齒輪油，再加入1kg左右的汽油或柴油，在關閉點火開關和油門的狀態下，掛上低速檔，推動微耕機行走5-10min，然后放空變速箱內的汽油或柴油，再按規定加足新的齒輪油。