第一步、控制氣流，手術室內含有一定的氣流，簡單的說有很多有害物質在空氣中，我們要做的是把空氣中有害的物質過濾掉。
 第二步、初級凈化，在手術室這一定的空間范圍，我們要將此范圍空氣中的微粒子、有害氣體、細菌等污染物質排除，并將室內潔凈度、壓力、溫度、氣流速度、噪音、照明及靜電控制在手術室中。
 第三步、溫濕處理，由于氣流速度的關系，在一定的范圍內室內的溫度、濕度會產生變化造成空氣無法流通，因此我們要使用空調系統使氣流流通，進而控制室內的溫濕。
 第四步、空氣過濾，這里我們使用的是初效過濾器進行空氣過濾。我們要將室內空氣中≥0.5μm的微粒數過濾，將空氣菌過濾，過濾容易產生化學反映的一些不必要的空氣。
 第五步、將過濾的空氣送出房間，這里我們使用的是 凈化管道送風，俗稱：送風管道
 第六步、再次進行空氣過濾，這里我們使用高效過濾器進行過濾，讓空氣潔凈度更加適應手術室。
 第七步、再次送風，我們使用高效送風口或FFU送風單元，再次將過濾后的空氣送出手術室。
 第八步、將潔凈氣流送入手術室。
 第九步、正壓送同風
 第十步、回風，空調系統將局部環境中的風經過凈化后再送回局部環境
 第十一步、百葉管道
 第十二步、初級過濾，再次循環。
 一個完整的潔凈手術室包括以下部分：
 1：衛生通過用房：包括換鞋處、更衣室、淋浴間、風淋室等；
2、消毒供應用房：包括消毒問、供應問、器械間、敷料問等； 　　
3、實驗診斷用房：包括X線、內窺鏡、病理、超聲等檢查室； 　 　　
4、手術輔助用房：包括洗手間、麻醉間、復蘇間、清創間、石膏間等； 　　
5、教學用房：包括手術觀察臺、閉路電視示教室等；
6、手術用房：包括普通手術間、無菌手術間、層流凈化手術間等