消化器或稱沼氣發酵的核心設備，微生物的繁殖，有機物的分解轉化，沼氣的生成都是在消化器里進行的，因此消化器的結構和運行情況是一個沼氣工程設計的重點。
       消化器的工藝類型，根據消化器水力滯留期（HRT）、固體滯留期（SRT）和微生物滯留期（MRT）相關性的不同，分為三大類（見下表）。在一定HRT條件下，設法延長SRT和MRT，并使微生物與原料充分混合，是厭氧消化器科技水平提高的主要方向。
類型 滯留期特征 消化器舉例
常規型 MRT=SRT=HRT 常規消化器、連續攪拌罐、塞流式
污泥滯留型 （MRT和SRT）>HRT 厭氧接觸、UASB、USR、折流式IC
附著膜型 MRT>(SRT和HRT) 厭氧濾器、流化床、腳脹床